この世には天上界、地底界、そして地上界の三界が存在する。その三界はおのおの閉ざされた世界であり、そこを行き来できることはなかったのである。しかし、突然時空に割れ目ができ、ふとしたことから地底界に住む者が地上にさす光を目にしたため、その時空の割れ目から地上にはいだしてきてしまった。そしていつしか我がもの物顔で暮らすようになってしまったのである。それに又いつか時空に割れ目ができ、地底界の仲間を連れてくるやもしれず、ぽんぽこ島はその輩共に支配される恐れがでてきたのである。ぽんぽこ島の党首ポコポーンはそのことを憂い、我が息子ポコポコにこのぽんぽこ島を救うべく、三つ子島にその解決の糸口があるはずだと古より伝わる話を聞かせ旅立たせることにした。

三つ子の島は壱の島・貳の島・参の島に分かれており、その三つ子の島に囲まれた中に天空に通じる祠があると言われている。が、実際に誰もその天空とやらに行った者はいないらしい。それに、三つ子島に行くことがぽんぽこ島の問題解決に果たしてなるのか？ポコポコはそんな疑問を持ちながらも、親友のコポコポと風水師のポンポンを連れ、遥か彼方の三つ子島へと向かうのである。